Năm 2000, xã Thạnh Xuân được điều chuyển về huyện Châu Thành A mới thành lập, thuộc tỉnh Cần Thơ[4]. Thời điểm này, xã có diện tích 28,91[5]. Dân số theo thống kê năm 1999 là 20.086 người[6].

Tháng 11 năm 2003, tỉnh Cần Thơ được chia tách thành thành phố Cần Thơ trực thuộc trung ương và tỉnh Hậu Giang. Xã Thạnh Xuân cùng với phần lớn huyện Châu Thành A thuộc về tỉnh Hậu Giang[7].

Năm 2007, thị trấn Rạch Gòi được thành lập trên cơ sở một phần diện tích và dân số của xã Thạnh Xuân[1].